Los aminoácidos se clasifican en función de la polaridad de la cadena lateral (R) en:
- Aminoácidos apolares: el radical R posee grupos hidrófobos que interaccionan con otros grupos hidrófobos mediante fuerzas de Van der Waals. Pueden ser de dos tipos: apolares alifáticos y apolares aromáticos.
Aminoácidos apolares alifáticos si R es de naturaleza alifática (lineal) y apolares aromáticos si R posee anillos aromáticos (ciclos con dobles enlaces).
- Aminoácidos polares: se dividen en polares sin carga o aminoácidos polares neutros y polares con carga. En los aminoácidos polares sin carga, los radicales R no están cargados a pH fisiológico y contiene grupos polares (como –OH o -SH) capaces de formar puentes de H con otros grupos polares o con el agua.
En los aminoácidos polares con carga, los radicales R contienen grupos con carga. Pueden ser aminoácidos polares con carga ácidos si el radical R contiene algún grupo carboxilo que se encuentra ionizado (cargado) negativamente a pH fisiológico (pH neutro) y pueden ser polares con carga básicos si el radical R aporta algún grupo amino que está cargado positivamente a pH neutro.
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