Son compuestos que se forman al unirse una molécula de ácido fosfórico con la pentosa de un nucleósido. El enlace es un enlace éster, se produce al esterificarse un OH del fosfórico con un OH libre del C-5' de la pentosa, en su formación se libera una molécula de agua. Los nucleótidos son por consiguiente ésteres fosfóricos de nucleósidos o nucleósidos fosforilados normalmente en posición 5'. Tienen carácter ácido debido al grupo fosfato.
Se nombran igual que el nucleósido del que procede y añadiendo 5´-monofosfato o 5´-fosfato (también se pueden nombrar sin el 5´) y normalmente se quita la -a final del nombre del nucleósido. Ejemplos: adenosín-5'-monofosfato o AMP, desoxiadenosín-5'-monofosfato o dAMP, guanosín-5'-monofosfato o GMP, desoxiguanosín-5'-monofosfato o dGMP, citidín monofosfato o CMP, desoxicitidín monofosfato o dCMP, desoxitimidin-5´-monofosfato o dTMP y uridín monofosfato o UMP.
No todos los nucleótidos forman ácidos nucleicos, sino que se encuentran libres en las células y constituyen compuestos de gran importancia biológica, desempeñando diferentes funciones en el metabolismo. Dos nucleótidos muy conocidos y que no forman ácidos nucleicos son el ADP y el ATP. El ADP es adenosín difosfato y el ATP es adenosin trifosfato. Los enlacés éster de sus fosfatos (enlaces de alta energía) almacenan energía producida en procesos que liberan energía como el catabolismo y la liberan en procesos donde se necesita energía cono el anabolismo.
Otros nucleótidos que no forman ácidos nucleicos son por ejemplo los que actúan como coenzimas, como el NAD (Nicotinamín - adenín – dinucleótido), NADP (Nicotinamín - adenín - dinucleótido – fosfato), FMN (Flavín - mono – nucleótido), FAD (Flavín - adenín – dinucleótido)...
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