La fotorrespiración incluye una serie de reacciones que tienen lugar en el clorroplasto, el peroxisoma y las mitocondrias. La fotorrespiración tiene lugar si escasea el CO2 y abunda el O2, situación que se produce cuando en un ambiente cálido y seco la planta cierra los estomas para evitar la pérdida de agua por transpiración. Con ello, no entra el CO2 y se acumula el O2 procedente de la fase luminosa. En tal situación la rubisco en lugar de fijar CO2 a la ribulosa bifosfat, le añade yO2, dando en lugar de 2 moléculas de 3 carbonos, da una molécula de 3 carbonos (que se incorpora al ciclo de Calvin y es la misma que las dos moléculas de 3 carbonos que resultan de la fijación del CO2) y otra molécula de dos carbonos.
Esta molécula de 2 carbonos (ácido fosfoglicocólico) se oxida en peroxisomas y mitocondrias hasta dar 2 CO2; al producirse CO2 y consumir O2 se parece a la respiración y como depende de la luz (la fotosíntesis aumenta el O2 y disminuye el CO2), de ahí el nombre de fotorrespiración.
Como la molécula de 3 carbonos producida en la fotorrespiración ingresa en el ciclo de Calvin, este ciclo funcionará a la mitad de su eficacia, por lo que la fotorrespiración resulta perjudicial por reducir la eficacia de la fotosíntesis y porque únicamente se consume materia orgánica sin formación de ATP.
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